Die PTB betreibt ein integriertes Qualitätsmanagementsystem (QM-System), das die vier miteinander verzahnten Geschäftsfelder Grundlagen der Metrologie, Metrologie für die Wirtschaft, Metrologie für die Gesellschaft und Internationale Angelegenheiten umfasst.
Mit dem QM-System der PTB werden die Anforderungen von ISO/IEC 17 025 und damit die Prinzipien der ISO 9001 und soweit zutreffend die Normen der Reihe ISO/IEC 17 000 sowie der ISO 17 034 erfüllt. Außerdem sind die Empfehlungen der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) zur guten wissenschaftlichen Praxis in das QM-System integriert.
Diese Anforderungen bilden die Grundlage eines permanenten internen QM-Selbstbewertungsprozesses durch das Management der PTB. Das QM-System der PTB wird jährlich seit 2001 durch ein internationales Expertengremium erfolgreich bewertet. Grundlage dieser Bewertung bilden interne QM-Dokumente und - Aufzeichnungen, die nachweisen, dass alle metrologischen Leistungen der PTB durch das QM-System abgedeckt werden und die Anforderungen des multilateralen Abkommens (CIPM-MRA) zur gegenseitigen Anerkennung der nationalen Normale und der entsprechenden Ergebnisberichte dauerhaft erfüllen.