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STRENDA DB – PDB für funktionale Enzymdaten?

Kolloquium der Abteilung 3

STRENDA steht für “Standards for Reporting Enzymology Data”.

Für Forscher, sowohl in der Grundlagenforschung als auch in der angewandten Forschung, ist es essentiell, funktionale Enzymdaten vergleichen, evaluieren, interpretieren und reproduzieren zu können. Insbesondere, wenn in der Systembiologie metabolische Systeme modelliert werden sollen, sind verlässliche und qualitativ hochwertige Daten unerlässlich. Diesem Anspruch werden die in Literatur und Datenbanken veröffentlichten Daten jedoch selten gerecht, weil diese nicht nur unter verschiedenen experimentellen Bedingungen ermittelt werden, sondern die Materialien und Methoden häufig nur unvollständig beschrieben werden.

Mit dem Ziel, die Qualität experimenteller Daten zu erhöhen, hat daher die STRENDA-Kommission Publikationsstandards für die Beschreibung von funktionalen Enzymdaten entwickelt. Diese STRENDA Guidelines werden mittlerweile von über 55 Zeitschriften in der Biochemie empfohlen, jedoch mit nur durchwachsenem Erfolg.

Das web-basierte Validierungs- und Speichertool STRENDA DB wurde daher entwickelt, um Autoren in der Abfassung eines STRENDA-Guideline-konformen Manuskripts zu unterstützen. Nach erfolgreicher Prüfung erhält jeder Datensatz eine DOI, mit der auf den Datensatz referenziert werden kann. Die Daten werden in STRENDA DB öffentlich zugänglich gemacht, allerdings erst, nachdem sie in einer Zeitschrift veröffentlicht wurden. Damit verfolgt STRENDA DB einen ähnlichen Weg zur nachhaltigen Qualitätssicherung für funktionale Enzymdaten wie Protein Database (PDB) dies für Proteinstrukturdaten vorgemacht hat.